ישנה זיקה אנלוגית גם בין ההגיון השמעי לנבואה. הנזיר כותב שהמקור להגיון השמעי הוא הדיבור האלוקי. במקום אחר הוא אף מוסיף שם-תואר וכותב “הגיון עברי שמעי נבואי”.

אחד היסודות שמניח הנזיר הוא ‘התבנית המשלית’, כצורת חשיבה שמשתמשת במשלים ובמאמרים סתומים וקצרים על-מנת להביע את המסר שלה. צורה זו מאלצת את הקורא “לשמוע מדעתו ומליבו”, לנסות לחשוף את הרובד הפנימי שהמשל מכסה עליו. עניין זה מתבטא גם בחוסר השיטתיות והסדר שקיים בתורה (בתושב”כ כמו גם בתושב”ע). הסדר והשיטתיות של המדע המערבי מתעתעים בקורא וגורמים לו לחשוב שהוא רואה ותופס הכל, בעוד צורת הסידור של החכמה העברית מעידה על עצמה שהיא מסתירה רובד נוסף ועל הקורא לחפש בין השיטין את המסר.

זיקת ההיגיון השמעי לנבואה מתבטאת דרך שני האלמנטים הללו. הנביאים דיברו בעצמם במשלים כאשר רצו להעביר מסר לעם או לחילופין כשרצו לתאר את מראה השכינה. כך למשל בנבואה של הנביא יחזקאל על ‘מעשה מרכבה’ הוא מתאר תיאורים של חיות ואש שעל-פי המסורת היהודית נחשבות למשל ועל כך מרמז הנזיר בכתבו על החכמה העברית שהיא “אמורה בראשי פרקים”.
על מעשה מרכבה גם נאמר שמוסרים מעשה מרכבה בראשי פרקים, ורק “חכם ומבין מדעתו” מסוגל להבין לעומק. בנוסף רואי לציין כי ‘התבנית המשלית’ וההגיון האנלוגי מייצרים מעגל אינסופי של הבנה בכך שכל גילוי של רובד פנימי מייצר שוב יחסי פנים-חוץ ואנלוגיה לעולם נסתר חדש.

הזיקה לנבואה מתחדדת גם עם האזכור של אברהם, הנביא העברי הראשון, שהפך את הקול החיצוני של החקירה והדרישה לקול פנימי, דהיינו קשר ישיר עם האל – לנבואה. בעצם, העברי מבין שאין הבנה אחת סופית, נראית, אלא כל הבנה היא מעבר להבנה חדשה נוספת. ההסתכלות על גרמי השמים אינה מספקת אותו והוא ממשיך הלאה לדרוש עד ש- “מתוכם נשמעים החוקים” בדומה למעמד הנבואה בהר-סיני.